查干湖区的植物种类主要包括：蕨类植物、裸子植物和维管植物（蕨类及种子植物）计74科，426种。其中，野大豆和甘草是国家II级保护植物。这些植物按用途可分为以下七大类：
（一）食用植物
黄花菜（Hemerocallis minor)、水蒿（柳蒿芽）（Artemisia selengensis)、灰菜（Chenopodium album)、苋菜（Amaranthus retroflexis)、马齿苋（Portolaca oleracea)、冬葵（Malva verticillata)、风花菜（Rorripa islandica)、荠菜（Capsella bursa-pastoris)、龙葵（Solanum nigrum)、大车前（Plantago asiatica)、平车前（Plantago depressa)、桔梗（Platycodon grandiflora)、沙参（Adenopgora sp.)、苦荬菜（Sonchus oleraceus)、苣荬菜（Sonchus brachyotus)、野韭（Allium sativum)等。
（二）药用植物
黄芩（Scutellaria baicalensis)、甘草（Glycerrhiza uralensis)、扁蓄(Polygonumaviculare)、地榆（Sanguisorba officinalis)、蒺藜（Tribulus terrestris)、柴胡（Bupleurumchinense)、防风（Siler divaricatum)、益母草（Leonurus sibiricus)、曼佗罗（Datura metel)、龙葵（Solanum nigrum)、大车前、平车前、茜草（Rubia cordifolia)、蓬子菜（Galiumverum)、桔梗、沙参、艾蒿（Artemisia argyi)、旋复花（Inula britanica)、火绒草（Leotopodium leotopodioides）、香蒲、灯心草（Juncus gracillimus)、马蔺(Iris lactea var.chinensis)、苍耳、蒲公英、大刺菜（Cirsium setosum)、小刺菜（Cirsium segetum)、萝摩（Metaplexis japonica)等。
（三）饲料植物
羊草（Aneurolepidium chinense)、冰草、虎尾草（Chloris virgata)、羊茅（Festuca ov原ina)、披碱草（Elymus cylindricus)、画眉草（Eragrostis pilosa)、水稗草（Echinochloa crus原
galli)、早熟禾（Poa annua)、狗尾草（Setaria viridis)、鹅观草（Roegneria ciliaris)、苔草（Carex sp.)、星星草（Puccinella tenuifolia)、黄花草木犀（Melilotus suaveolens)、白花草
木犀（M.albus)、兴安黄芪（Astragalus dahuricus)、兴安胡枝子（Lespedeza dahurica)、草木犀黄芪（Astragalus melilotoides)、扁蓿豆（Poccockia ruthenica)、野火球、山野豌豆、沙打
旺（Astragalus huangheensis)、斜茎黄芪（A.adsurgens)、米口袋（Amblytropis verna)、山莴苣（Lactuca indica)等。
（四）造纸及编织植物
芦苇、香蒲、马蔺、大麻（Cannabina sativa)、野亚麻（Linumamurense)、苘麻（Abutilon theophrasti)、狭叶荨麻（UIticaangustifolia)、芨芨草（Achnatherum splendens)、大油芒（Spo原
diopogon sibiricus)、荻(Mischanthus sachriflorus)等。
（五）观赏植物
黄花菜、渥丹（Lilium concolor)、松叶百合（Lilium cerum)、野西瓜苗（Hibiscus tri原onum)、千屈菜、角蒿（Incarvillea sinensis)、旋花（Convolvulus amanni)、打碗花（Calystegia hederacea)、罗布麻（Apocynum lancifoium)等。
（六）香料植物
黄花蒿、香蓼（Polygonum viscosum)等。
（七）鞣料植科
地榆（Sanguisorba officinalis)等。