一、两栖动物
查干湖区及其附属水域分布有4种两栖动物，隶属于1目3科，占吉林省两栖类种数
（13）种的30.8%。其中蟾蜍科两种，一种为中华大蟾蜍，主要栖息于农田和草丛中，数量较多，为常见种。另一种是花背蟾蜍，常栖息于农田、草丛和临时形成的浅水泡中，数量也较多，为常见种。雨蛙科1种，即无斑雨蛙，喜栖于灌木上、蒿萎叶上和杂草丛中，数量较多，为常见种。蛙科1种，即黑斑蛙，区内分布较广，多在泽洼地、阴湿的草丛间、池沿旁等近水处，数量很多，为优势种。
这4种两栖动物，除无斑雨蛙外，均为国家要保护的“有益的或有重要经济、科学研究价值的陆生野生动物（简称“三有动物”）。
二、爬行动物
查干湖区有爬行类动物5种，隶属于3目3科，占吉林省爬行动物种数（17种）的29.4%。鳖科中的1种鳖栖息在江流平缓的甩湾深水处或泡沼中，数量较少，为稀见种。
蜥蜴科中的1种丽斑麻蜥栖息于较干旱的多石少草的沙地，有时也在草丛间，数量较多，为常见种。
游蛇科中的3种蛇。其一，虎斑游蛇，多活动于潮湿并杂草丛生的地方和近水处，为常见种；其二，红点锦蛇，多栖于近水的草丛里，为稀见种；其三，白条锦蛇多栖于田野及草
丛中，为稀见种。
这5种爬行动物除虎斑游蛇外，均为国家要保护的“三有动物”。占区内爬行动物种数的80%。
附录：
查干湖区两栖类、爬行类主要生物简介
两栖类AMPHIBIA
I、无尾目ANURA
（1）蟾蜍科Bufonidae
蟾蜍为蟾蜍科动物通称，有多种，最常见的是大蟾蜍、雨蛙、青蛙，也是其中一种（有的也称其为田鸡类）。
1、中华大蟾蜍Bufo gargarizans Cantor
2、花背蟾蜍B.raddei strauch
（2）雨蛙科Hylidae
3、无斑雨蛙Hyla immaculata Boettger
（3）蛙科Ranidae
4、黑斑蛙Rana nigromaculata Hallowell
爬行纲REPTILIA
I、龟鳖目TESTUDIFORMES
（1）鳖科Trionychidae
1、鳖Trionyx sinensis Wiegmann
II.蜥蜴目LACERTIFORMES
（2）蜥蜴科Lacertidae
2、丽斑麻蜥Eremias argus Peters
III.蛇目SERPENTIFORMES
（2）游蛇科Colubridae
3、虎班游蛇Natrix tigrina lateralis Berthold
4、红点锦蛇Elaphe rufodorsata(Cantor)
5、白条锦蛇Elaphe dione (Pallas)